Comenzó a jugar al fútbol sala de la mano de Betinho en el Tumiaru.
Luego pasó a jugar en varios clubes de la ciudad de Santos como:
Portuguesa Santista, Gremetal y otra vez en el Portuguesa. En 2003,
fichó por el Santos, donde fue instalado en la academia de juveniles,
que en el pasado, produjo internacionales brasileños como Bruno Coutinho
Martins, Clodoaldo Tavares de Santana, Diego Walsh, Elano y Alex. Empezaron
a compararlo con jugadores como José Macia Pepe, Pelé y Robinho en el
inicio de su carrera en el Peixe (Apodo del Santos). Mientras que en la
academia de juveniles, Neymar jugó con Ganso, convirtiéndose en buenos
amigos en el proceso.
A la edad de 14 años, viajó a España para fichar
por el Real Madrid. En ese momento, el Real Madrid tenía estrellas como
Ronaldo, Zidane y Robinho. Neymar pasó la prueba para su posible traslado,
pero el Santos, habría pagado 1 millón de reales para mantenerlo en el club.
Progresó a través de las categorías inferiores con rapidez y se le concedió
finalmente una promoción para formar parte del primer equipo en 2009.